Emredene güvenmese bırakır mıydı körpe bir çocukla, savunmasız, gözü yaşlı bir kadını neresi olduğunu bilmediği bir çölün ortasındaki kurak bir vadiye? Ama biliyordu ki bunu isteyenin bir amacı vardı ve ona itaat etmesi gerekiyordu. Çocuğunun babasına sonsuz itimadı olan genç kadın ise, Yaratan'ın böyle istediğini öğrenince, dünyada oğlundan başka tek varlığı olan kocasının hüzünlü gidişini izledi ağlamaklı bir teslimiyetle. "Seni ve İsmail'i Allah'a emanet ediyorum." demişti ya, yüreği ferahlamıştı genç annenin. Tek üzüntüsü ondan ayrı kalmak ve sonunun ne olacağını bilmemekti. Sabretti, suyu ve birkaç lokma yemeği bitene kadar. Kuru bir ağacın altında kendi aç, küçük oğlu aç, bekledi kaderini. Tâ ki ana yüreği küçük İsmail'in açlıktan kıvrandığını görene kadar. Çaresiz, yalnız ve çileli Hacer "Medet Ya Rab!" nidalarıyla şimdilerde Safa ve Merve olarak adlandırılan iki tepe arasında defalarca koşarak gidip geldi...
Çocuğunun halini görmek için yanına geri geldiğinde sahibini göremediği bir ses işitti. Korku değil çaresizlik ağır bastı. Seslenenin, beklediği kaderi olduğunu düşündü ve, "Ey ses sahibi, sesini duyurdun! Eğer sen bize yardım etme kudretine sahip isen, bize yardım et!" diye dua etti. İşte şimdi zemzem kuyusu olan yerde Cebrail'i gördü. Melek bulunduğu yeri kazmaya başlayınca berrak bir su çıktı. Hacer, hemen suyu havuz gibi yaptı, kana kana içti, kırbasını doldurdu. O doldurdukça su kaynamaya devam etti, içtikçe de hem susuzluğu hem de açlığı gitti. Suyun başında kaç gün, kaç ay geçti bilinmez; ama Şam'dan dönen Yemenli Cürhüm kabilesi, yolu üzerindeki, daha önceden su ve hiçbir canlının bulunmadığını bildikleri vadiden geçerken, Hacer'i ve oğlunu, içi su kaynayan bir kuyu yanında gördüler. Hayrette kaldılar, sonra da Hacer'in de izniyle oraya yerleşme kararı aldılar.
Kaynaklar, zemzem kuyusunun hikayesini böyle anlatıyor ve bir not düşüyorlar hikayenin sonuna: "İbrahim (as)'ın duası, Hacer'in teslimiyeti ve henüz küçük bir bebek olan İsmail (as)'ın hatırı için, Yüce Allah, zemzemi böyle ortaya çıkardı." Rivayet odur ki zemzem kuyusu ve Hz. İbrahim-oğlu Hz. İsmail yapımı Kâbe'nin olduğu mübarek topraklarda Allah'ın emir ve yasakları yaşanmaz olup, Cürhüm kabilesi Allah'a isyan edince zemzem suyu kurur. Tâ ki Hz. Muhammed'in dedesi Abdülmuttalip rüyasında zemzem kuyusunun yerini görene dek. Abdülmuttalip rüyasında gördüğü yeri kazar ve zemzem suyu tekrar çıkar.
O günden beri Mekke'ye ziyarete giden hacılar bu sudan kana kana içer ve bu mukaddes sudan memleketlerine götürüp yakınlarına da ikram eder. Bu sebepledir ki yaklaşık 4 bin yıllık bir geçmişe sahip olan zemzem kuyusunun suyu dünyanın dört bir tarafına ulaşan tek su kaynağı olma özelliğini korur. Şimdi, zemzem kuyusu modern bir kent görüntüsünde olan Mekke'de, Kâbe'nin Hacer-ül Esved taşının bulunduğu köşeden on dört buçuk metre uzakta, yer altında bir odada bulunuyor.
Hac farizasını yapmak için Kâbe'yi ziyarete gelen Müslümanlar sebebiyle kuyudan her yıl bir milyon metreküp su çekiliyor.